Das Spielprinzip von Balls in a box ist wirklich simpel, aber mindestens genau so faszinierend. Sie haben ein Spielfeld, dass in zwei farbige Bereiche aufgeteilt ist, grün und rot. Außerdem fliegen auf dem Feld grüne und rote Bälle umher. ihre Aufgabe besteht darin alle grünen Bälle auf die grüne Spielfeldhälfte zu bringen und alle roten Bälle auf die rote Hälfte. Dazu können Sie mit ihrer Maus ein Paddle in der Mitte des Spielfeldes steuern, dass eine kleine Öffnung hat. Durch diese Öffnung können die Bälle schlüpfen und die Seite wechseln. In jedem Level werden es zwei Bälle mehr und somit schwieriger die Bälle in der vorgegebenen Zeit zu sortieren.